El clima de San Pedro de Atacama presenta características propias de un desierto de altura, con sol abundante durante todo el año y por las noches temperaturas que pueden llegar bajo cero, además de niveles mínimos de humedad, con una brisa cálida y salina.

En los meses de verano (de diciembre a febrero) la temperatura durante el día marca un promedio de 27° C grados centígrados, llegando a extremos de 30° C grados, mientras que en la noche desciende hasta 16°C. Estas cifras varían en invierno (junio-agosto) con 22°C grados en el día y 4°C en promedio durante la noche, llegando incluso a descender a extremos -8 °C grados de temperatura.

La temporada de las escasas lluvias van de enero a marzo, conociéndose esta época como "invierno altiplánico"

Si se dispone a visitar San Pedro de Atacama no olvide empacar ropa para todo tipo de temperaturas, preferentemente capas de ropa outdoor de telas como polar y capilene, además de llevar un bloqueador solar con protección adecuada y anteojos de sol con filtro UV.